• Sebagai akibat putusan Mahkamah Konstitusi  yang membatalkan UU No. 27 Tahun 2004 tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi  (Putusan MK No 006/PUU-IV/2006), dipandang perlu untuk tetap mengajukan kembali RUU baru. 
• Dalam putusannya MK merekomendasikan pembentukan UU KKR baru, yang sejalan dengan UUD 1945, dan menjunjung tinggi prisip-prinsip hukum humaniter dan hukum hak asasi manusia internasional.

• Pembentukan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR), juga dimandatkan oleh UU No. 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan Hak Asasi Manusia, khususnya terkait dengan penyelesaian pelanggaran HAM yang berat, yang terjadi sebelum diundangkannya undang-undang ini. (Pasal  47 UU No. 26/2000).
• TAP MPR No. VI Tahun 2000 tentang Persatuan dan kesatuan Nasional pada intinya memberikan arah penyelesaian pelanggaran HAM Berat masa lalu yang dapat dilakukan melalui Pengadilan HAM Ad Hoc atau melalui Komisi kebenaran dan Rekonsiliasi.

• UU No. 11 Tahun 2006 tentang Pemerintahan Aceh, yang juga mengamanatkan pembentukan Komisi kebenaran dan Rekonsiliasi di Aceh. Di dalam Pasal 229 ayat (1) UU Pemerintahan Aceh disebutkan, “Untuk mencari kebenaran dan rekonsiliasi dengan Undang-Undang ini dibentuk Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi di Aceh.
• UU KKR dibentuk  guna menyelesaikan pelanggaran HAM berat yang terjadi pada masa lalu sebelum berlakunya  UU No. 26 Tahun 2000 tentangPengadilan HAM, perlu ditelusuri kembali utk mengungkapkan kebenaran serta menegakan keadilan dan membentuk budaya menghargai HAM shg dapat diwujudkan rekonsiliasi guna persatuan nasional. Pengungkapan kebenaran  juga demi kepentingan para korban dan/keluarga korban dan juga ahli warisnya untuk mendapatkan kompensasi, restitusi dan rehabilitasi.

Terbentuknya UU KKR yang baru sehingga diperoleh keadilan dan kepastian hukum bagi penyelesaian pelanggaran HAM berat masa lalu sebelum berlakunya UU No. 26 Tahun 2000 baik bagi pelaku maupun korban pelanggaran HAM berat masa lalu. Dengan diungkapkannya kebenaran ttg pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang terjadi sebelum berlakunya UU Pengadilan HAM melalui komisi kebenaran dan rekonsiliasi diharapkan dapat diwujudkan rekonsiliasi nasional.

- Rekonsiliasi nasional dengan pengungkapan penyelesaian pelanggaran HAM Berat masa lalu sebelum berlakunya UU No. 26 tahun 2000 tentang Pengadilan HAM agar pelaku, korban keluarganya memperoleh keadilan dan kepastian hokum melalui upaya rekonsiliasi seperti  kompensasi, restitusi dan rehabilitasi dan amnesti.

  -  Lingkup materi yang diatur dalam UU KKR ini adalah meliputi asas dan tugas pemebntukan komisi, temapat kedudukan, fungsi tugas dan wewenang komisi, alat kelengkapan, tata cara penyelesaian permohonan kompensasi, restitusi, rehabilitasi dan amnesty, keanggotaan komisi, pembiayaan, ketentuan lain-lain, ketentuan penutup.