Penyelenggaraan pemerintahan dan pelaksanaan pembangunan di Tanah Papua selama ini belum sepenuhnya memenuhi rasa keadilan, belum sepenuhnya tercapai kesejahteraan, dan belum sepenuhnya mendukung penegakkan hukum dan penghormatan hak-hak asasi manusia di Tanah Papua khususnya masyarakat di Tanah Papua.

Adanya kebijakan khusus di Tanah Papua yang didasarkan pada perlindungan hak-hak dasar orang asli Papua pengakuan identitas rakyat Papua, afirmasi kebijakan untuk orang asli Papua, percepatan pembangunan dan retribusi pembangunan yang adil, representasi orang asli Papua di berbagai sektor dan rekonsiliasi untuk Papua di Tanah Damai.

• Kewenangan Pemerintah Daerah Provinsi di Tanah Papua.
• Kebijakan strategis pembangunan di Tanah Papua.
• Kebijakan keuangan daerah yang bersifat khusus.
• Institusi/kelembagaan pemerintahan di Tanah Papua.
• Kebijakan politik yang rekonsiliatif.

Kondisi geografis tanah papua yang memiliki luas wilayah 421.981 km² serta kanekaragaman karakteristik kondisi alam tentunya menjadi ciri khas tersendiri, kanekaragaman suku, adat, dan budaya serta populasi penduduk yang belum tersebar secara merata menambah kekhasan tanah papua. Papua juga memiliki sumber daya alam yang berlimpah mulai dari gas, minyak, emas, perak, hasil laut, dan tembaga. Kondisi ini sangat berbanding terbalik dengan keberadaan SDM yang mampu mengelola secara baik kekayaan alam bumi Papua, bahkan tidak jarang permasalah disektor sumber daya alam mengakibatkan konflik yang berkepanjangan dan membawa korban jiwa yang tidak sedikit.

Gambaran singkat tentang Papua tersebut tentunya tidak hanya menjadi perhatian ditingkat nasional akan tetapi telah menjadi perhatian dunia internasional. Sejarah panjang penyatuan Papua kedalam NKRI kurang lebih telah mencapai setengah abad, tentunya hal ini telah mengalami beberapa kemajuan tetapi sekaligus juga kekurangan yang berekses pada gejplak politik, ekonomi, sosial budaya, dan pertahanan dan keamanan.

UU Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua merupakan satu langkah maju yang diambil oleh Pemerintah RI dalam rangka melindungi hak ulayat orang Papua akan tanah, air, dan kekayaan alam Papua lainnya. Di dalam perkembangannya, keberlangsungan otonomi khusus di Papua ternyata belum dapat dikatakan berhasil, bila diukur dari 4 (empat) bidang pokok yang menjadi sasaran yakni pendidikan, kesehatan, pemberdayaan ekonomi kerakyatan, dan infrastruktur pada kenyataannya masih ditemukan beberapa kekurangan.

Dari berbagai permasalahan tersebut dapat dilihat bahwa keberadaan UU Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua memiliki alasa-alasan untk dilakukan perubahan sebagai berikut:

1. Bahwa UU Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua sudah tidak sesuai dengan perkembangan masyarakat;

2. Bahwa telah terjadi perubahan tata pemerintahan di Provinsi Papua dengan adanya Provinsi Papua Barat;

3. Adanya DPRP dan MRP di Provinsi Papua Barat;

4. Perkembangan konteks, tuntutan, dan kebutuhan masyarakat di Papua; dan

5. Mengakomodir kewenangan bidang lain yang diperluas untuk diatur dalam RUU tentang Otonomi Khusus Papua.

Sasaran yang ingin diwujudkan dari RUU tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi di Papua adalah terwujudnya sebuah kepastian hukum dalam kerangka menciptakan masyarakat Papua yang adil dan sejahtera, dengan meiningkatkan pembangunan disektor pendidikan, ekonomi kerakyatan, dan infrastruktur.

Jangkauan dari terbentuknya RUU ini adalah untuk pelaksanaan kewenangan baik kewenangan diluar kewenangan pusat maupun kewenangan pusat yang berkaitan dengan wilayah dan Orang Asli Papua. Penegasan subyek yang menjadi sasaran pelayanan dan pembangunan masyarakat di tanah Papua, secara khususn Orang Asli Papua. Sedangkan subjek perantaranya adalah pemeritan Provinsi di Tanah Papua yang melaksankan tugas pemerintahan dan pelaksanaan pembangunan di tanah Papua. Sedangkan Arah pengaturan dari RUU ini adalah:

a. Mewujudkan ketertiban dalam penyelenggaraan Provinsi di Tanah Papua;

b. Menciptakan kepastian hukum bagi penyelenggaraan Pemerintahan dan pembangunan di tanah Papua; dan

c.   Meningkatkan kenyamanan bagi semua penduduk di tanah Papua.